Balkan Ekspresi”nin tarihçesi oldukça ilginçtir. İstanbul”dan Budapeşte”ye uzanan hattıyla 1991 yılında seferlerine başladı ve o dönemdeki ismi “Balkan-Orient Express” idi. Daha sonra, Belgrad”a kadar olan seferleri kesildi. Tren, 2000 yılından sonra sadece İstanbul – Sofya arasında hizmet veriyordu. Ancak, 2013 yılında Sirkeci istasyonunun Marmaray banliyö demiryolu ağının inşası için kapatılması nedeniyle Balkan Ekspresi hizmetini durdurdu.